Прежде всего, изменения коснулись пользовательского интерфейса, в частности, способа представления задач резервного копирования, восстановления и синхронизации в главном окне программы. Теперь пользователи могут легко управлять своими задачами и находить те, которые необходимо выполнить, изменить или удалить благодаря улучшенному механизму сортировки, который позволяет организовать задачи по названию, типу задачи, статусу и другим параметрам.

Версия 6.1 предоставляет возможность импорта/экспорта конфигураций приложения. Настройки программы могут быть сохранены в формате ZIP и восстановлены после установки новой версии или же в целях изменения стратегии защиты данных.

Также было увеличено количество типов данных, с которыми работает программа. Теперь Handy Backup поддерживает автоматическое резервирование данных новейших почтовых клиентов Microsoft. В программе имеются пресеты для автоматического поиска и копирования сообщений, контактов и настроек MS Outlook 2007 и Windows Mail, заменившего Outlook Express в Windows Vista.